Лікування алмагелем може викликати деякі неприємні симптоми. До них належать:
- порушення в роботі органів травлення, такі як спазми в області епігастрії, порушення смакового сприйняття, позиви до блювоти і нудота, труднощі дефекціії,
- порушення в метаболізмі мікроелементів: магнія, фосфору, алюмінію, кальцію. При цьому кальцію в організмі стає менше, оскільки він у великих кількостях виводиться з сечею. У зв'язку з чим розвивається остеопороз, остеомаляція,
- можливий розвиток енцефалопатії, погіршення роботи нирок, нефрокальціноз, алергічні прояви.
Якщо препарат приймає пацієнт з хворими нирками, він може відчувати підвищену тягу до води, падіння кров'яного тиску, пригніченість рефлексів. Одночасне вживання алмагеля та інших лікарських препаратів може знизити ефективність останніх за рахунок їх абсорбції. Так, небажано одночасно з алмагелем приймати дигоксин, саліцилати, індометацин, фенітоїн, хлорпромазин, бета-адреноблокатори, ізоніазид, дифлунізал, антибіотики з групи тетрациклінів, а також наступні препарати з групи хінолонів: еноксацин, офлоксацин, норфлоксацин, ципрофлоксацин, грепофлоксацин. Може порушитися дія препаратів з групи барбітуратів, непрямих агулянтів, азитроміцину, дипірідамолу, а також жовчних кислот. Не слід одночасно з алмагелем приймати препарати заліза. Також не слід одночасно приймати його з ліками, що розчиняються в кишечнику. Якщо приймати алмагель одночасно з М-холіноблокаторами, то ефект від першого буде більш тривалим і сильним.