Від редактора: виправлення 05.03.20
У тексті новини виправлено дві помилки: 17 відсотків - це частка синонімічних замін (було помилково зазначено, що це частка НЕсинонімічних замін); в ході відбору з'явився SARS-CoV-2, а про його різновиди такої інформації поки немає (було помилково зазначено, що L-тип і S-тип розійшлися завдяки відбору).
Коронавірус SARS-CoV-2 має як мінімум два різновиди, повідомляється в. На одну з них, більш агресивну, діє особливо жорсткий відбір з боку людини, тому її зустрічуваність за останні два місяці знизилася. Відсоток випадків COVID-19, викликаних менш смертоносним різновидом вірусу, з цієї причини зріс.
Наприкінці грудня в Китаї зафіксували спалах нової хвороби дихальних шляхів, яка згодом отримала назву COVID-19. З'ясувалося, що захворювання викликає новий коронавірус, схожий на вірус важкого гострого респіраторного синдрому (ТОРС або SARS; назва вірусу - SARS-CoV), але не ідентичний йому. Зі зростанням числа випадків COVID-19, загибеллю частини пацієнтів і виходом вірусу за межі Китаю стало абсолютно очевидно, що з ним необхідно посилено боротися - а для цього в найкоротші терміни дізнатися якомога більше про його природу, родинні зв'язки з іншими вірусами, потенційні джерела інфекції і так далі.
Геноми багатьох SARS-CoV-2 (спочатку цей вірус називали 2019-nCoV), які вдалося виділити з біоматеріалу пацієнтів з COVID-19, секвенували. Дані про послідовності нуклеотидів РНК 103 нових коронавірусів, а також вірусу SARS-CoV і споріднених вірусів кажанів (SARSr-CoV) і панголінів порівняли вчені з декількох установ Китайської академії наук і Пекінського університету.
Виявилося, що у нового коронавірусу і його передбачуваного предка SARSr-CoV відрізняється всього приблизно 4 відсотки нуклеотидів. Однак якщо враховувати тільки синонімічні заміни, частка неоднакових мутацій більше - 17 відсотків. (Ймовірна причина в тому, що несинонімічні заміни призводять до заміни амінокислот в кодованих білках і тому зазвичай схильні до більшого еволюційного пресингу - викорінюються природним відбором.) Для порівняння, в парі «людина - шимпанзе» це значення становить 1,2 відсотка. Це, на думку вчених, означає, що поділ двох вірусів відбувся досить давно.
Характер неспівпадінь нуклеотидів в геномах SARSr-CoV і SARS-CoV-2 такий, що вони швидше з'явилися в ході спрямованої еволюції, ніж випадкової рекомбінації.
Сам SARS-CoV-2, як показало порівняння послідовностей, можна розділити на два типи: автори назвали їх S і L. Найчіткіша їх генетична відмінність - два однонуклеотидних поліморфізму, які завжди йдуть у зчепленні один з одним. Вірус S-типу, мабуть, старший, і викликає не такі важкі форми COVID-19, як другий. Однак у перші тижні спалахи захворювання, приблизно до 7 січня, у 96,2 відсотків випадків виявляли хворих, інфікованих вірусом другого типу - L. Він молодший і більш агресивний.
Після першого тижня січня частка інфекцій COVID-19, причиною яких був SARS-CoV-2 L-типу, стала знижуватися і тепер ближче до 60 відсотків. Причину цього дослідники бачать у тому, що люди стали активно заважати його поширенню (тобто вести відбір проти нього), ізолюючи хворих у важкому стані. У той же час пацієнтів з SARS-CoV-2 S-типу могли тоді виявляти гірше, оскільки у них хвороба протікала зазвичай в більш легкій формі.
Два різновиди нового коронавірусу різняться і своїм географічним поширенням. В Ухані 96,3 відсотка хворих заразилися SARS-CoV-2 L-типу, а за межами цього міста таких менше - 61,6 відсотка. Однак у одного пацієнта з Австралії, дані по якому обробили в рамках обговорюваної статті, знайшли відразу і L-, і S-різновиди.
Автори визнають, що та інформація, яку вони мають, далека від повноти, тому необхідно повторне дослідження на розширеній вибірці. Також вони відзначають, що потрібно якомога швидше об'єднати епідеміологічні, молекулярно-генетичні дані та відомості про симптоми COVID-19 у різних хворих, щоб виробити найбільш ефективні стратегії боротьби з коронавірусом-збудником захворювання.
Доповнення 06.03.2020
Сайт наводить коментарі вірусологів про статтю, якій присвячена новина.
Майкл Скіннер (Michael Skinner) з Імперського Коледжу Лондона зазначає, що слово «агресивний», яке використовували автори щодо різновидів SARS-CoV-2, нетипове для лексикону вірусологів: зазвичай говорять про здатності реплікуватися і передаватися від одного організму до іншого, і дві ці характеристики можуть істотно відрізнятися. Один вірус частіше реплікується, інший - ефективніше передається.
Стефен Гріффін (Stephen Griffin) з Лідського університету додає, що реальні причини зміни частоти зустрічності SARS-CoV-2 S- і L-типу поки невідомі. Щоб з'ясувати, чи дійсно L-тип піддався потужному відбору з боку людини, необхідно провести експерименти хоча б на тварин моделях, зрозуміти, як швидкість розмноження цього вірусу залежить від зовнішніх впливів.
Нарешті, відмінності зустрічуваності двох різновидів коронавірусу можуть бути пов'язані з так званим ефектом засновника - ситуації, коли при утворенні нової популяції в ній були представлені не всі можливі і (або) далеко не найтиповіші варіанти генотипів даного виду.